Phytopathologia Polonica/Phytopathologia
Od początku swego istnienia Towarzystwo zabiegało o posiadanie własnego czasopisma naukowego. Obiektywne trudności sprawiły, że początkowo trzeba było publikować prace z sympozjów w Zeszytach Problemowych Postępów Nauk Rolniczych z podtytułem Phytopathologia Polonica i kolejnym rzymskim numerem. W ten sposób wydano 10 tomów noszących numery Zeszytów 160, 198, 213, 230, 250, 275, 289, 301, 307, 374 (odpowiednio Phytopathologia Polonica I - X), po czym ukazały się dwa kolejne tomy Phytopathologia Polonica (XI i XII), wydane już przez Towarzystwo niezależnie. W 1991 roku Towarzystwo zaczęło wydawać w języku angielskim nowy półrocznik naukowy, stanowiący kontynuację tej samej inicjatywy wydawniczej pod tytułem Phytopathologia Polonica, a którego numeracja (arabskimi i rzymskimi liczbami) nawiązywała w latach 1991-1995 do wspomnianych wyżej Zeszytów Problemowych PNR. Od 2002 roku Phytopathologia Polonica stała się kwartalnikiem, a od roku 2009 czasopismo nosiło tytuł Phytopathologia. Ostatni numer czasopisma ukazał się w roku 2012.
Polskie nazwy chorób roślin uprawnych
Książka "Polskie nazwy chorób roślin uprawnych" (1996), zawiera ponad 1500 nazw chorób występujących na drzewach owocowych i roślinach jagodowych, roślinach warzywnych, ozdobnych, zbożach i trawach, trawach w uprawach trawnikowych, buraku i ziemniaku, roślinach przemysłowych oraz motylkowatych pastewnych. Jest to plon wieloletniej pracy Sekcji Nazewnictwa Chorób Roślin pod przewodnictwem najpierw prof. dr Wandy Truszkowskiej, a następnie prof. dr. hab. Zbigniewa Boreckiego. Wydanie drugie uzupełnione - z 2017 roku, pod redakcją dr hab. Małgorzaty Schollenberger, prof. SGGW dostępne jest także w wersji elektronicznej.
Inne wydawnictwa
Dzięki inicjatywie Zarządu Głównego PTFit różne ośrodki fitopatologiczne w kraju zaczęły opracowanie kolejnych pozycji z serii "Diagnostyka chorób roślin" (np. chorób roślin warzywnych oraz buraka i ziemniaka). Materiały wydawane jako pokłosie długich serii regularnie organizowanych konferencji (np. Sekcji Biologicznej Ochrony Roślin przed Chorobami) stanowią także swoiste serie wydawnicze.