Badania naukowe realizowane w Katedrze Biotechnologii i Mikrobiologii Żywności dotyczą następujących grup tematycznych: mikrobiologia stosowana, inżynieria bioprocesowa, biotechnologia środowiskowa, kultury tkankowe oraz genetyka mikroorganizmów. W grupie badań dotyczących mikrobiologii stosowanej wymienić należy następujące problemy badawcze: aktywność przeciwdrobnoustrojowa mikroorganizmów i ich metabolitów, bakterie probiotyczne i ich wpływ na zdrowie człowieka i zwierząt oraz adhezja mikroorganizmów do powierzchni ciał stałych. W zakresie inżynierii bioprocesowej: optymalizacja produkcji kwasu mlekowego, wytwarzanie biopreparatów poprawiających właściwości gleby oraz procesy ekstrakcji substancji biologicznie aktywnych. W zakresie biotechnologii środowiskowej: usuwanie zanieczyszczeń z wody i gleby z użyciem kultur mikroorganizmów, kompostowanie organicznych odpadów miejskich i osadów ściekowych. W grupie badań kultur tkankowych: hodowle kultur komórek nabłonka jelitowego in vitro do badania adhezji bakterii jelitowych i transportu transnabłonkowego składników żywności, leków i ksenobiotyków, potencjał biologiczny ekstraktów owoców jagodowych w prewencji otyłości i zaburzeń zespołu metabolicznego. Grupa badań genetycznych dotyczy: klasyfikacji i identyfikacji oraz analizy zmienności genetycznej mikroorganizmów w tym mikrobiomu jelitowego człowieka, funkcjonalnych modyfikacji genetycznych mikroorganizmów, nadekspresji białek heterologicznych w drożdżach, a także interakcji mikroorganizmów probiotycznych z komórkami eukariotycznymi.
