Prace badawcze prowadzone w Pracowni Genetyki skupiają się wokół zagadnień związanych z szeroko pojętą mikrobiologią i biotechnologią w ujęciu molekularnym. Można wyróżnić trzy zasadnicze obszary badań realizowane w Pracowni Genetyki:

  • studia nad mikrobiomem człowieka (odpowiedzialny: Prof. UPP dr hab. Marcin Schmidt),
  • prace dotyczące mechanizmów działania, syntezy i wykorzystania bakteriocyn (odpowiedzialny: dr hab. Agnieszka Olejnik Schmidt),
  • biotechnologia i biologia systemów drożdżowych (odpowiedzialny: Prof. UPP dr hab. Ewelina Celińska).

Pracownia genetyki jest wyposażona w aparaturę umożliwiającą prace eksperymentalne obejmujące szerokie spektrum technik z zakresu biologii molekularnej, biochemii, inżynierii genetycznej oraz biotechnologii. Poczynając od podstawowej aparatury do hodowli mikroorganizmów w warunkach statycznych i dynamicznych w postaci serii inkubatorów z wytrząsaniem (Biosan), a także inkubatora z kontrolowanym składem atmosfery Anoxomat Mart (Advanced Instruments) dedykowanego do hodowli mikroorganizmów beztlenowych, a także linii komórek zwierzęcych Heracell 150 (Thermo Scirentific) wraz z komorą do pracy strerylnej LaminAir HVR2448 (Heraeus), poprzez urządzenia umożliwiające izolację i oczyszczanie kwasów nukleinowych i innych biomolekuł z komórek mikroorganizmów (archeonów, bakterii, drożdży, pleśni, czy glonów), roślinnych i zwierzęcych, próbek żywności i środowiskowych (np. gleby, osadów, wód) i złożonych biocenoz (np. mikrobiom kałowy), a także cfDNA (ang. circulating free DNA). Nasz zespół posiada doświadczenie w izolacji biomolekuł metodami klasycznymi oraz z wykorzystaniem zestawów kolumnowych (adsorpcyjnych i jonowymiennych). W przypadku dużej ilości prób dysponujemy aparatem do automatycznej izolacji MagMAX Express Magnetic Particle Processor (Applied Biosystems). Będący na naszym wyposażeniu młyn miksujący MixerMill MM-400 (Retsch) umożliwia izolację biomolekuł (kwasów nukleinowych, białek, tłuszczy, itp.) z mechanicznie odpornych komórek (w tym spory i przetrwalniki) oraz twardych materiałów (np. tkanki kostne, nasiona). Przygotowanie roztworów próbek biomolekuł do dalszych analiz umożliwia urządzenie do zagęszczania roztworów biomolekuł w próżni miVac (GeneVac). Analizę kwasów nukleinowych wspomagają: spektrofotometr UV-VIS na małe objętości NanoDrop ND-1000 (NanoDrop Technologies) oraz termocyklery Veriti Thermal Cycler (Applied Biosystems) i Tgradient Thermocycler (Biometra), oraz termocykler z analizą przyrostu ilości produktu w czasie rzeczywistym – 7500 Real-Time PCR System (Applied Biosystems) wraz z komorą do przygotowywania reakcji PCR UVC/T-M-AR (Biosan). Do analizy heterogenności populacji, oraz wykrywania polimorfizmów i mutacji zastosować można zestaw do elektroforezy w gradiencie temperatury TGGE Maxi System (Biometra) lub elektroforezę kapilarną typu Lab-On-A-Chip – Bioanalyzer 2100 (Agilent), w sposób szczególny dedykowaną do oceny jakości bibliotek do sekwencjonowania NGS czy też integralności próbek RNA. Różnicowanie szczepów mikroorganizmów w oparciu o strukturę genomu umożliwia także zestaw CHEF-DR III Variable Angle System (Bio-Rad) do elektroforezy wysokocząsteczkowych fragmentów DNA (PFGE).

Zaawansowane badania proteomiczne umożliwia system do elektroforezy dwukierunkowej białek: Protean IEF cell, Protean II XL cell, Mini-Protean Tetracell (Bio-Rad). Detekcję i analizę białek wspomaga automat do elektrotransferu iBlot Dry Blotting System (Invitrogen), szybkiej immunodetekcji SNAP i.d. Protein Detection System (Millipore) oraz czytnik mikropłytek Anthos ht2 (Anthos). W wybranych badaniach funkcjonalnych pomocny jest zestaw GenePulser Xcell Electroporation System (Bio-Rad) pozwalający wprowadzać biomolekuły do komórek mikroorganizmów, zwierzęcych i roślinnych. Archiwizację obrazu rozdziałów elektroforetycznych, testów żelowych i blotów można przeprowadzić z zastosowaniem systemu Gel Doc EZ (Bio-Rad) lub densytometru GS-800 Calibrated Densitometer (Bio-Rad), a analizę wyników przeprowadzić z wykorzystaniem oprogramowania do analizy rozdziałów elektroforetycznych: QuantityOne 1-D Analysis oraz PDQuest 2-D Analysis (Bio-Rad).