W skład Laboratorium Mikrobiologicznego Katedry Biotechnologii i Mikrobiologii Żywności Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu wchodzi: pożywkarnia, sterylizatornia, pomieszczenie do przygotowywania prób do wykonywania analiz mikrobiologicznych, inkubatornia, pokój szczepień, pomieszczenie do prac z drobnoustrojami beztlenowymi, chłodnia, pomieszczenie do dezintegracji materiałów mikrobiologicznych oraz myjnia. Pomieszczenia te są również zapleczem badawczo-technicznym dla pozostałych laboratoriów Katedry. Dodatkowo Laboratorium Mikrobiologiczne prowadzi Kolekcję Czystych Kultur, w której zdeponowanych jest kilka tysięcy szczepów bakterii, pleśni i drożdży.
Laboratorium Mikrobiologiczne jest wyposażone w: autoklawy (SMS Elmi, Getinge, SMS typ AS44 ) do jałowienia podłoży, sprzętu oraz dezintegracji materiałów mikrobiologicznych, homogenizatory mikrobiologiczne typy Stomacher, Pulsifier oraz BagMixer do przygotowywania prób do analiz mikrobiologicznych, komory laminarne klasy II (Holten, Thermo Scientific), komory rękawicowe (Whitley MG 500, Ruskinn Concept 1000) do prac z drobnoustrojami beztlenowymi, inkubatory (Binder, Haereus, Thermo Scientific, Biosan) do hodowli mikroorganizmów o zróżnicowanych wymaganiach temperaturowych oraz zapotrzebowaniu na tlen, system do wytwarzania warunków beztlenowych (Anaxomat), mikroskopy świetlne (Zeiss), mikroskop fluorescencyjny odwrócony (Zeiss, Axiovert 200) z systemem do komputerowej analizy obrazu, termocyklery, termomikser, fluorymetr, urządzenie do elektroforezy kapilarnej, termocykler przeznaczony do przeprowadzania reakcji RT-PCR, analizator immunoenzymatyczny z odczytem fluorescencyjnym (mini Vidas) do wykrywania drobnoustrojów chorobotwórczych oraz toksycznych produktów ich metabolizmu, automatyczny licznik kolonii (Easy Count 2) z Computer Scanning System (MultiScanBase v14.02) pozwalający na sortowanie kolonii na podstawie ich wielkości i barwy oraz dokonywanie pomiaru średnic stref inhibicji, termocykler (Applied Biosystems) do amplifikacji kwasów nukleinowych, wirówki (Eppendorf),łaźnie z wytrząsaniem (Biosan),luminometr (Lumac),zestawy do filtracji membranowej,komory do przechowywania drobnoustrojów w niskich temperaturach, naczynia kriogeniczne na ciekły azot, automaty myjące.
Laboratorium Mikrobiologiczne KBiMŻ zajmuje się pracami związanymi z izolacją i identyfikacją drobnoustrojów obecnych w żywności oraz próbach środowiskowych. Badane są w nim również specyficzne właściwości metaboliczne drobnoustrojów, m.in. ich zdolność do syntezy polioli, kwasów organicznych, związków przeciwdrobnoustrojowych, witamin, polisacharydów, enzymów i peptydów. Laboratorium Mikrobiologiczne KBiMŻ wyspecjalizowało się w zakresie badania właściwości prozdrowotnych drobnoustrojów. Ponadto, wykonywane są w nim rutynowe analizy mikrobiologiczne produktów spożywczych, suplementów diety oraz innych materiałów. Przygotowywane są w nim również inokulaty do hodowli bioreaktorowych oraz badany jest ich przebieg. Oprócz tego laboratorium zajmuje się oceną jakości mikrobiologicznej i aktywności biologicznej preparatów wytwarzanych metodami biotechnologicznym.